德國下薩克森州農業部門5日曾懷疑該州於爾岑的一家農場出產的生豆芽是這波疫情的「罪魁禍首」。據稱，患者中有17人曾在呂貝克一家叫「土豆窖」的餐館用餐。其中一個來自瑞典的旅遊團30人中有11人感染致命病菌。這些遊客都點了牛排、含豆芽的生菜色拉等。這些豆芽就來自上述農場。這家農場還曾向漢堡、石荷州等疫情較重的地區供應生豆芽。農場的一名女職工已被確診感染出血性大腸桿菌。然而，6日下午，該農業部門態度突然180度大轉變，稱實驗室初步抽查並未發現證據證明農場出產的豆芽是病菌源頭。
這波大腸桿菌疫情的肆虐給歐洲農業造成嚴重打擊，德國、西班牙等國農戶受損嚴重，整個歐洲也由於遭多國禁止進口蔬菜而陷入一片愁雲慘霧。歐盟8日宣佈為受影響的菜農提供2100萬歐元的補償金。這筆資金將面向5月26日至6月底提出賠償申請的菜農。同時，西班牙已表示，不會向德國政府提出索賠控告。
雖然德國官方宣佈「毒豆芽」為大腸桿菌疫情元兇，但德國民間仍將信將疑。德國《明鏡》週刊稱，這還是「理論上的說法」。很多民眾也持懷疑態度，不知道德國專家過兩天會不會又推翻自己的結論。在德華人則擔心，德國媒體會不會又把中國與「毒豆芽」扯上關係。此前，德國《圖片報》以「種子來自亞洲，大腸桿菌病菌來自中國」為題稱，「中國紅豆導致豆芽感染病菌」，德國於爾岑的農場曾稱從中國進口紅豆。 | 
