扎瓦希里在1993年成立「埃及伊斯蘭聖戰組織」，一直致力於顛覆穆巴拉克政府。1998年「埃及伊斯蘭聖戰組織」與 「基地」組織合並。
同年，他成為拉登下達襲擊美國人「指令」的5位簽字人之一，也就是從那時起，他開始時常出現在「基地」組織領導人拉登的身邊。
瓦希里因被認為策劃1998年美國駐肯尼亞和坦桑尼亞大使館爆炸案而遭美國政府指控，一年之後，他被埃及法院缺席審判死刑。
2001年，因為美國入侵，阿富汗塔利班政權倒台，扎瓦希里開始逃往生涯。2006年1月，扎瓦希里在巴基斯坦偏遠部落地區的一個村莊逃過了美國導彈的襲擊，那次襲擊造成另外18人死亡。
扎瓦希里的妻子及其兩個兒子卻不如他那般幸運。有報導稱，2001年12月，他們在阿富汗坎大哈遭遇美軍空襲身亡。
分別在1998年和2001年見到過扎瓦希里的巴基斯坦記者哈米德•米爾說，扎瓦希里之後再婚，他的新任妻子在2005年為他生了一個女孩。 | 
