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 美軍獵殺本.拉登後，巴基斯坦與美國關係正在逐步陷入白熱化。
另外一個導致兩國緊張關係升級的原因是對於50名特種部隊後勤人員的安置問題。這些後勤人員屬於一個美巴兩國制定的特別訓練項目，該項目主要任務是訓練巴基斯坦的准軍事部隊以打擊在部落駐紮的基地組織和塔利班反抗力量。這個項目於近期剛剛結束，但是對於這些後勤人員的安置問題，兩國持有異議。巴基斯坦政府希望他們全部回到自己的國家，但是美國希望他們可以留下繼續為反恐做出貢獻。現在美國政府正在為這些後勤人員爭取臨時工作簽證，由於兩國關係緊張，巴基斯坦官方非常不願意對其發放簽證。
在近期的美國國會山，憤怒的密西根共和黨人士兼眾議院情報委員會領導人麥克羅傑斯表示，他相信巴基斯坦軍方以及三軍情報局相關人士曾暗中保護本.拉登。上周羅傑斯在與巴基斯坦高級安全主管會面時談到，雖然他現在還沒有確切證據證明巴基斯坦軍方或者民間組織曾經暗中保護本.拉登，但是根據現在的情報信息來看，這是非常有可能的。
羅傑斯同時警告奧巴馬政府，在給予巴基斯坦每年20億美金資助的同時，美軍很可能最後得到的是巴基斯坦官方和軍方對其更多方面的限制。羅傑斯還呼籲建立兩國「基準」關係準則，其中包括共享在卡拉奇、拉哈爾和其它地區的軍事活動信息、以及讓美情報人員接觸在巴基斯坦境內被捕的恐怖武裝分子。
儘管美軍在阿富汗將塔利班武裝驅至南部已經取得了非常大的進展，可是美方依然需要巴基斯坦軍方和情報機構對其領導人施加更大壓力，因為長久以來巴基斯坦方面對於塔利班武裝的打擊是卓有成效的。
至少在現階段，巴基斯坦與美國關係正在逐步陷入白熱化。在與巴基斯坦軍方會談時，帕內爾提供了巴基斯坦安全官員與恐怖分子勾結的直接證據。帕內爾向巴基斯坦方面出示了兩張照片，照片顯示了兩周前美方情報人員要求三軍情報局去突襲的兩個炸彈製造廠。但是當巴基斯坦軍方抵達這兩個工廠時，恐怖分子早已撤離。這暗示了，巴基斯坦軍方或者情報人員曾向恐怖分子透露了突襲時間和地點。
在突襲失敗以後，美國國防部立刻凍結了應向巴基斯坦支付的3億美元資金。這筆資金原本是用來幫助巴基斯坦在阿富汗邊境部署10萬士兵的。兩個美國五角大樓官方人員稱：「凍結資金主要是因為一些條款的落實需要一定的時間」。 | 
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