其次是水源的爭奪。在蘇丹交匯的青白尼羅河，一條綩約，一條奔放，經常被形容為情人，可對於已經分道揚鑣的南北蘇丹來說，卻嘗不到任何甜蜜的滋味，卻反而有些苦澀。尼羅河水源分配問題歷來是南北蘇丹的老難題，如今公投結束，國際監督減弱，水源問題同樣可能成為衝突的導火索。
除了與北方的衝突之外，南蘇丹內部也有著顯著的問題：潛在種族衝突。跟北方阿拉伯族裔居主體不同，南蘇丹沒有主體民族，也沒有主體宗教，眾多民族甚至沒有統一的語言。南北對立時，大家調轉槍口一致對北，可獨立後一旦政府無法調和種族矛盾，南蘇丹或許會面臨內部衝突的危險。
南蘇丹獨立了，但面前的道路實在難說是平坦。鄰國的政局不穩，美國和西方對巴希爾的態度，都關係著南北關係。最大的問題便是國際法庭針對蘇丹總統巴希爾的逮捕令。假若南蘇丹聽從美歐的話加入國際刑事法庭，南北蘇丹的關係勢必急轉直下，兩國將相互猜疑、指責，很難做到平和相處。 | 
