孫志剛強調，必須堅持公立醫院的公益性，而落實政府責任，是確保公立醫院公益性的關鍵。政府投入長期不足和以藥補醫機制的存在，使得目前中國公立醫院普遍存在逐利性，這與公益性要求背道而馳，是公立醫院改革必須解決的核心問題。
孫志剛指出，政府必須切實履行辦醫責任，加大財政投入，保障基本建設和大型設備購置支出、公立醫院公益性職能經費和人員基本工資，取消以藥補醫機制，使公立醫院真正回復公益性。同時，要重新構建藥品流通秩序，規範招標採購行為，構建健康科學的藥品流通秩序和價格形成機制，為公立醫院健康發展創造良好的外部環境。
孫志剛指出，要分層次推進公立醫院改革。按照不同層級公立醫院的規模、功能定位和服務對象，選擇不同的政策措施和推進策略。
——鄉鎮衛生院作為基層的公立醫院，以人事分配製度為核心的綜合改革已取得了一定成效。
——今年要把縣級醫院改革擺到突出位置，以改革以藥補醫機制為突破口，推進綜合改革，建立現代醫院管理新機制。
——試點城市公立醫院改革要充分借鑒縣級醫院改革的經驗，強化政府責任，以綜合改革破除以藥補醫機制，同時通過管理創新鞏固改革成果，建立公立醫院運行的良性機制。 | 
