在政務領域，韓國政府決定停止研究原計劃於今年下半年推進的李明博總統訪日計劃。此外，對於日本明仁天皇訪韓一事，暫時將停止協商。在經濟領域，日本一直要求研究啟動韓日自由貿易協定(FTA)談判的問題，而這在今後一段時間內將很難推進。韓中FTA談判有望在年內啟動，在此情況下，韓日不研究啟動FTA談判的問題，就會讓日本經濟界坐立不安。
韓國外交部認為，因為此次事件，韓日兩國間正在商討的4個主要議題短期內很難繼續推進下去。15日自民黨議員要訪問郁陵島的消息首次傳來時，韓國外交部謹慎表示：「不會阻止合法的訪問。」外交部長官金星煥19日在國務會議上說：「如果自民黨議員在前往郁陵島的路上遭逢不測，將對兩國關係產生不良影響。將(通過外交)努力說服日本政府克制訪問。」
韓國媒體認為，但克制訪韓的要求遭到自民黨議員的拒絕，日本政府反而要求韓國保護議員們的人身安全，擺出一種默認他們訪韓的態度。對此，韓國總統室特任長官李在五和大國家黨代表洪准杓要求強硬應對，受此影響，政府的立場也發生了改變。外交部官員擔心以往精心修復的兩國關係捲入政治漩渦，陷入僵局。 | 
