草根定義分歧一直存在
事實上，衛生部疾控局副局長郝陽所提到的、雙方對「社會組織」的定義分歧一直存在。中國一直以在民政部註冊的非政府組織為社會組織，但全球基金曾更傾向於一種從社區生長的、自然而然形成的草根組織。前者往往規模更大，實力更強，後者更深入基層，也更需要援助。
記者曾於2006年年底參與全球基金中國項目制定草根代表選舉規則的會議，作為全國唯一與會的媒體，見證了中國愛滋病草根組織第一次大規模亮相，並以《1.3億愛滋善款引發「江湖暗戰」》為題進行報道，講述了愛滋病領域大小非政府組織之間的錯綜複雜的競合生態。事隔多年，當年人們的擔心如今成為現實，基層草根組織還是沒有拿到足夠的援助。
「國外資金經過幾道轉手才能最終到達草根組織手裡。」一位深諳國際基金資助渠道的人士當時告訴記者，中國草根組織數目眾多，國外基金進入時，最直接的辦法就是圈定一個機構作為其在中國的總委託人，由總委託人代為分發這些資金。
以全球基金在華RCC項目為例，一位草根組織專家向媒體透露，大部分的基金流入了在民政局註冊的民間組織，而不是草根組織，在競標中，草根組織往往因為各種原因而在競爭中處在不利地位。
呼籲多部門參與
「（已經被凍結的）RCC這個項目太大了，幾乎涉及中國所有省份。」賈平告訴記者，現在所說的RCC項目是國家在統和所有抗愛資源，包括中央轉移支付經費、省、市和縣（區）級投入，以及其他國際合作項目的資金，通過全球基金滾動資金渠道申請到的整合滾動項目。「整個盤子約有22億美元，其中來自全球基金的資金為5.09億美元，為期6年，自2010年開始。」
該項目的中央執行機構（PR）是中國疾病預防中心（CDC），具體實施單位是CDC下屬的性病愛滋病預防控制中心，然後依托CDC在各省的分中心進行垂直管理。各個地方的草根組織可以向各地CDC進行申請。
「這個項目的國家項目辦是我見過的最優秀的團隊組合。」賈平說，但整個組織模式並不符合扁平化的管理理念，時間一長，導致資源逐漸趨向少數人管理。「這次資金凍結，最倒霉的還是草根機構，之前也沒拿到什麼錢。」
目前，RCC項目的領導協調機構是國家協調委員會（CCM）和國務院防治愛滋病工作委員會辦公室、衛生部，主要負責領導、協調全球基金在中國的工作。其中CCM是依照全球基金的有關要求建立的一個協調機制，負責審議、批准和協調申請全球基金項目，督導和指導經全球基金批准的在華實施的項目。
「我們應該呼籲多部門參與，比如財政部、審計部門，甚至公安部、民政部，都應嚴肅地全程參與進來。」賈平說，哪怕這些部門不熟悉這個領域，但參與多了，自然就能明白。「這些審計部門不一定懂，但是參加了以後，想查就可以查，知道怎麼查問題。」
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