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蘇聯入侵阿富汗期間，扎瓦希里前往巴基斯坦，支援阿富汗游擊隊並結識本•拉登。上世紀90年代，他領導的極端組織在埃及多次發動襲擊。1999年，埃及一家軍事法庭以缺席審理方式判處他死刑。
扎瓦希里2001年在文章中寫道，「基地」的戰略是「盡可能多殺死殺傷」美國人，「無論用子彈、刀、炸彈或是鐵棒」。本月初，扎瓦希里「現身」，在一段錄像中聲稱要為本•拉登復仇，襲擊美國和以色列目標。另外，美聯社分析，扎瓦希里與美方私仇甚深，部分原因是他的妻子和至少兩個孩子在阿富汗戰爭中遭美方空襲炸死。
美國智庫機構「新美國基金會」專家布賴恩•菲什曼說：「從在埃及的時候開始，扎瓦希里就引起不和。『基地』內許多人不喜歡他，是他性格使然……不過，他是唯一在（『基地』）舊勢力和新勢力中都有聲望和地位的人。」
由於在「基地」內不能完全服眾，扎瓦希里接任後，可能策劃發動襲擊，以期提升「威望」。「他肯定正在策劃一次猛烈襲擊，讓那些懷疑他領導能力的人信服，」英國達勒姆大學宗教團體事務專家哈勒利•阿納尼說。
內遇競爭
胡賽法•阿扎姆和他的父親先前跟隨本•拉登。阿扎姆向《華盛頓郵報》記者描述，扎瓦希里「狂妄、易怒、極端，與任何人衝突，甚至與那些看法相同的人」。
一些美國官員和反恐怖事務分析師先前估計，扎瓦希里的「接班人」地位可能遭內部競爭者挑戰，包括埃及前特種部隊軍官賽義夫•阿德爾和利比亞人阿布•葉海亞•利比。《紐約時報》援引多名專家和宗教武裝人員的話報道，扎瓦希里如今試圖改變，正廣泛接觸宗教團體，以擴大「基地」影響。身處多個國家的武裝人員接受電話採訪時誇讚扎瓦希里及其「團結」努力。
扎瓦希里「繼位」後，巴基斯坦塔利班表示支持。巴基斯坦塔利班發言人伊赫薩努拉•伊赫桑說，塔利班將繼續聯手「基地」。 | 
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