對於中方抗議，日本持否定態度。日本防衛省表示，確認雷達等資料後，感到並沒出現中國方面指責的事實。「日本海上自衛隊的導彈驅逐艦沒有出現在那裡。」防衛省還稱，P3C軍機與中國艦隊的距離也有3700米，P-3C2軍機投下聲吶浮標時，與中國軍艦的距離也有1300米，「沒有採取危險的行動」。
另據報道，6月4日在新加坡舉行的日中防長會議上，中國國防部長梁光烈指出，「由於日本在東海採取活躍的偵察活動，中日之間有發生衝突的危險。」對此，日本防衛大臣北澤俊美反駁說：「從雷達記錄來看，我們沒有採取危及到中方的行為。」
《朝日新聞》稱，中國採取的一連串行為令人不解。以往，大多是日本向中國提出抗議，現在中國向日本提出抗議，很可能是為了在國際社會弱化日本的立場。日本有關方面還分析指出，「中國方面可能是在試探日本自衛隊，看看他們是否還能夠像「3·11」大地震以前那樣針對中國採取行動。如果感覺其中有空隙，中方就可能增加活動頻度。」同時，日本有關人士還建議，在日中兩國為了避免衝突籌建「海上聯絡機制」的同時，「日本自衛隊有必要顯示自身的高度情報收集能力」。 | 
