2010年，所屬干細胞管理中心未經批准，在「中國造血干細胞捐獻者資料庫」項目中，列支了與該項目內容無關的抽檢費、紅十字總會新聞稿發佈服務費和會議費共計22.48萬元。
另外，在2009年12月，紅十字總會在中央國家機關政府採購中心確定了模擬人等設備採購項目的中標金額1227.67萬元後，仍按照原採購預算1648萬元與中標供貨商簽訂採購合同，相應增加了採購數量，合同金額超出中標金額420.33萬元，占中標金額的34.24%。
針對上述問題，審計署已依法出具了審計報告、下達了審計決定書。對以前年度結轉和結餘資金未納入部門預決算問題，要求今後規範結轉和結餘資金的管理使用；對虛列支出問題，要求調整相關會計賬目和決算（草案），今後嚴格按規定據實列支；對部分收支賬面金額與決算報表不符問題，要求調整相關會計賬目和決算（草案），今後嚴格按規定進行會計核算；對所屬干細胞管理中心未經批准在不同項目（科目）間調劑使用預算資金問題，要求調整相關會計賬目和決算（草案），今後按規定用途使用項目資金；對政府採購不規範問題，要求今後嚴格執行政府採購規定。
針對審計發現的問題，審計署建議：紅十字總會應加強預決算管理，嚴格按預算規定的支出用途使用資金，進一步加強政府採購管理。 | 
