美方則頻頻指責巴政府、軍隊內部有勢力庇護拉登，而且懷疑其巴方情報機構同伊斯蘭極端組織有聯繫，反恐「出工不出力」。如近期美曾提前向巴通報有關部落區塔利班兵工廠的消息，但巴軍趕去圍剿時，早已人去樓空，事後美方再度懷疑巴方內部有人與巴塔勾結導致走漏消息。至於巴方反感的無人機襲擊則從未停止，而且鑒於其戰果輝煌，力度更比以往更強。5月2日至今，無人機在巴境內發動了20起以上襲擊，打死上百人，「基地」組織重要軍事指揮官、「聖戰者運動」領導人伊爾亞斯.卡什米裡也可能死於美軍空襲(消息未得到官方證實)。
正如美總統辦公廳主任所稱「美巴關係非常複雜」，兩國既相互依賴，又貌合神離;一方面維持既有合作，另方面又矛盾不斷，其實質是兩國國家利益相互衝突所致。
從美國立場出發，反恐需要巴方協助。6月29日，美方公佈最新國家安全戰略中，「基地」組織及其分支成為最重大直接威脅，而美方認為「基地」等極端組織依舊以巴阿部落區為大本營，剷除基地離不開巴方幫助。5月底希拉里訪巴就曾明確提出希望巴協助逮捕的恐怖分子名單，如「基地」現任領導扎瓦赫裡、「哈卡尼網絡組織』領導人哈卡尼等。美新防長帕內塔7月9日突訪阿富汗，表示扎瓦赫裡正藏匿在巴境內，但巴軍方則針鋒相對，明確要求美方共享扎瓦赫裡的相關情報，準備將其繩之以法。
阿富汗問題的解決也離不開巴方。阿富汗戰爭已經進入第十年，美不堪重負，7月正式啟動撤軍計劃。後美軍時代的阿富汗能否按照美方設想發展，美方多年反恐成果能否保持都離不開對阿富汗有著巨大影響力的巴基斯坦。同時，駐阿聯軍後勤供應主要通過巴境內運送，2009年，駐阿美軍需地面運輸的軍需品，90%通過巴卡拉奇港，然後經山路運往阿富汗。 | 
