但美巴關係惡化的現實也迫使美尋求新的路線，今年以來已有近40%的地面軍需品，通過所謂的「北方軍事補給網絡」，從中亞鐵路和地面路線，經阿富汗北部送達戰區，但巴方的運輸渠道對美而言仍不可或缺。而且，巴核武問題也令美擔憂。巴是唯一擁有核武器的穆斯林國家，美極為擔心巴核武落入伊斯蘭極端分子手中。正如美前防長蓋茨所言，「美巴兩國在核武問題上保持暢通的溝通渠道至關重要」。同時據傳美方已制定了保護巴方核武庫的計劃，「以免該國被塔利班，基地組織或其他極端分子控制」。
巴基斯坦同樣離不開美國。首先，經濟上美援至關重要。巴當前安全形勢不佳，經濟大受影響，外匯儲備不足進口生活必需品，而且國內社會、民生問題重重，積重難返，巴曾多次向國際貨幣基金組織借款以暫渡難關，在當前環境下，每年40多億軍事、民生援助對巴至關重要，與美國交惡將帶來難以承受之後果。安全上美仍是地區主導國家。巴需美國支持穩定周邊環境。而且最重要的是美超強軍事科技實力讓巴無力抗爭，美多次赤裸裸侵犯巴國主權行為，但巴方無可奈何，陸軍參謀長基亞尼就曾私下表示「我們能怎麼辦?」
鑒於雙方利益糾葛，彼此依賴，在一定時間內，巴美關係難以發生實質性變化，兩國反恐合作仍將持續。7月11日，美國防部表態稱「只是暫時扣留部分軍事援助，而非停止提供援助，只要美巴雙方能夠解決上述摩擦，美方就會對這些援助物資放行」。6月22日，美總統奧巴馬也與巴總統扎爾達裡通電話，希修復美巴關係。目前雙方已有聯合組建特種部隊、共組情報分析小組、共審嫌犯等舉措，美方對巴方的每年15億美元的民生援助也絲毫未受影響，兩國合作還將繼續並可能深化。 | 
