除了中國科學院以外，農業部去年的「三公」開支，也超過2億元，水利部與交通運輸部則各超過1億元。
在輿論壓力下，這些部委也設法進行解釋。中國科學院就在其網站上發出說明稱：「中科院作為國家科研機構，一直高度重視與發達國家的科技合作，不斷推進與發展中國家和國際科技組織的合作。因此，中科院因公出國(境)費主要以科技合作與交流支出為主。」
針對中科院9996萬的公務接待費，說明稱，中科院的公務接待對像包括內賓和外賓，「由於國際科技合作交往比較頻繁，外賓公務接待費較大」。此外，中科院擁有近千個野外觀測台站，主要分佈於偏遠地區、甚至是人跡罕至的地區，所以野外考察用車也增加了車輛購置和運行支出。
2010年中科院在公務車購置與運行方面，花了7420萬元。
農業部則是晾出了人均數字，以表明該部「三公」開支雖高，但是9萬名在職人員平均下來，人均「三公」開支約為2500元。2010年的公車開支超過1億元的水利部也解釋說，這是由於水利部按規定更新了16部越野車，此外他們的車輛運行費主要用於實現防汛抗旱、搶險救災、水政執法、水文水資源監測等職務需要。 | 
