3、不是飛機而是內部爆破致世貿「雙子」大廈坍塌
許多人懷疑世貿中心「雙子」大廈最終垮塌是受到一種被控制的爆炸力量摧毀所致。懷疑者認定該兩幢摩天大樓只有選擇在某特定部位安放炸藥進行爆破才能致其坍塌。有現場目擊者後來證實，他們在向樓下奔跑逃命時曾經聽到大廈內部傳出巨大的爆炸聲。許多建築專家和學者也一直堅持認為，在劫持的飛機撞擊大廈後，其所剩燃油燃燒所產生的溫度不足以使大樓鋼架溶化而導致倒塌。
4、五角大樓遭受攻擊事件在科學上說不通
美國國防部所在地五角大樓在911事件中被攻擊可能是一件最大的烏籠事件。從理論上看，五角大樓受飛機撞擊後出現爆炸，然而爆炸炸開的洞口卻比一架商業飛機小許多，由此引發專家懷疑。專家們還質疑兩點：a) 軍方為何未在飛機撞擊之前將其擊落？b)五角大樓被撞擊的部位為何剛好是正在維修的部分。
5、93號航班曾經平穩落地
在911事件中，第4架被劫持的飛機被稱為93號航班，最終在賓夕法尼亞州的先克斯維爾附近墜毀。一般認為該機在墜落前機內乘客曾與劫機者搏鬥，致使飛機最後在一片野外空地上墜毀。但是，此93號航班後來一直被懷疑是平穩落地後，受到另一架空中的飛機發射導彈擊毀的。更有甚者，有人認為該機的所有乘客都遭到謀殺，從而導致真相永遠無法查清。6、懷疑劫機者仍活在世上
911事件發生後，曾有傳說那些劫機犯其實並未死亡，且在別國活得很好。這當然不足為信，因為世界上同名同姓者大有人在。儘管如此，一些人依據有劫機者的護照被找出來作為犯罪證據後提出反問：為什麼那些劫機的恐怖分子的護照在大爆炸中沒被燒燬？難道大爆炸能摧毀摩天大樓而大火卻燒燬不了護照紙張？
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