2010年12月，朱清時發出「致報考南方科大考生、家長的一封信」，宣佈開始自主招生。信中說，「我們已經做好了首期教改實驗班的師資準備，聘請了若干院士和著名教授承擔教改實驗班的教學工作。」
但是，「聘請」的教師，都是兼職。當時的南科大並沒有一名全職教授。
2011年年初，從清華退休的張賢科教授和從華中科大退休的李元傑教授，與南科大簽訂了全職合同。前者擔任線性代數的教學任務。
李元傑教授和唐叔賢院士共同教授物理課。從朱清時的公開信中可以看到，這門課的老師原定為陳應天教授。但是在開學前，由於理念分歧等原因，陳應天也淡出了南科大的工作。
原計劃講授微積分課的張景中院士，依然在授課教師名單中。但他事務繁忙，同時兼有廣州大學計算機教育軟件研究所所長以及四川大學、華中師範大學的多個職務，無法每週到校講課。因此，在臨開學前，學校找來了一位來自美國、恰好正在學術休假的教授「救火」。
與之類似，同時兼職至少四份的陳國良院士，也依然擔任了計算機課程的教學任務，但他請來了3位教授組成「教學團隊」。負責通識教育課程的丁學良教授如約開設了「比較現代化」，但南科大學生證實：丁學良並不能做到每週來上課，「他每月來一次，一學期一共上4次課」。
對於這些情況，港科大創校校長吳家瑋並不滿意。「根據我的教學經驗，5門課就應該是5個教授，怎麼能那麼多老師？」
對照一年多以來的學校公告和媒體報道，可以發現除幾位港科大老師和陳應天教授外，還有多個曾經出現過的名字最終「消失了」，其中包括葛墨林院士、雷清泉院士等等。
與教師團隊類似，南科大的規章制度、行政架構、培養計劃、學術委員會等，都未能在招生前完成，實驗室也沒能準備好，第一學期的課表，也是在臨上課前最終敲定的。
在朱清時看來，去年匆忙決定招生的原因，是當時外部條件已經具備，從教育部到深圳市政府都表態支持。如此時機不容錯過。他覺得，到今年的話，「就不行了」。
核心團隊
李曉原：普林斯頓大學博士，香港科技大學化學系前主任。
李澤湘：加州大學伯克利分校博士，香港科技大學電子與計算機工程系教授，自動化技術中心主任。
勵建書：耶魯大學博士，香港科技大學數學系前主任。
離去原因
鼓動學生「不參加高考」不是改革
根據合作協議，香港科技大學教授李曉原、李澤湘、勵建書被邀請為南科大籌建團隊核心成員，從事人才引進、學科架構與課程體系設計、薪酬體系制定、招生考試等工作。3人於2011年初先後退出，並授權南方週末發表《要改革，不要口號——南科大籌建團隊核心人員為何退出與朱清時的合作》文章，闡明與朱清時在辦學理念上的分歧，意在以南科大為樣本分析中國高教改革背後的深層問題：
我國的高考就考試本身來講仍然不失為是一個較為公平的衡量體系。而這對一個社會誠信體系尚沒有健全的社會尤為重要。
在任何國家，統一的高校入學考試制度本身並不是問題，問題的實質在於是否應該用高考成績作為（所有）高校的唯一或最重要的取和評價標準。問題的實質在於如果不用高考成績作為唯一或最重要的高校錄取標準的話，如何才能在這個誠信缺失的社會環境中，從機制、監管和操作上做到錄取工作的公正、公平、公開和合理，以使所有人特別是社會弱勢群體的機會得到維護和保障。
我國高考體制由「考試」和「錄取」兩個重要環節組成。最根本性的弊端出在「錄取（及其所用標準）」環節。用「錄取」環節的弊端去否定「考試」環節的合理性，或用「考試」環節的不完善性去否定「考試」環節本身的合理性都是極其不負責任的譁眾取寵。 | 
