更為嚴肅和重要的問題是高教改革是一場「改革」而不是「文憑革命」。改革的目的是用更好的更完善的更可操作的辦法和措施來代替（或逐步解決）問題叢生的現有高考（考試和錄取）制度，而不是為了反對而反對。「文憑革命」式的否定現有考試制度和措施，而沒有代之以更好更完善更可操作的辦法和措施是對社會的不負責任、對學生的不負責任、對高教改革的不負責任。
南科大負責人鼓勵學生「反對參加高考」的做法，除了空洞的口號和不負責任的煽動之外，看不到有任何建設性的具體建議和做法。
「朱校長也非常難我很同情他」
在至今沒有副校長、諸多行政架構缺失的情況下，朱清時不得不親自處理許多細節事務，甚至包括敲定每一名員工的工資
學術團隊遲遲未能組建，也給行政管理團隊帶來了影響。按照朱清時的想法，在這所去行政化的學校裡，應該先有學術團隊，然後再確定管理隊伍。
但在至今沒有副校長、諸多行政架構缺失的情況下，朱清時不得不親自處理許多細節事務，甚至包括敲定每一名員工的工資。「全世界任何一所大學，都不會由校長來直接決定每個員工包括各個部門秘書拿多少錢。」李曉原說。
「朱校長也非常難，我很同情他。」陳應天說。
事實正是如此——當幾位教授先後產生去意時，學校頓時陷入幾乎無人可用的狀態。招生複試時，勵建書等教授本因為理念問題表示不參加，但眼看學校就要「出洋相」，他還是前來相助。
朱清時本人，也深感沒有得力團隊的困擾。「我在中科大時，有一個很大的團隊在運作，每個人都在自己的位置上，都知道自己有責任幹什麼事，不需要領導催促、指示，我出國一個月也沒有問題，學校照樣運轉得很好。」他在接受記者採訪時說。
在這樣的情況下，他不得不更多地依賴個人人脈。例如，講授國學課程的魏承思，與他同為南懷瑾弟子。更多的資源則來自中科大——請他之前的秘書來從事教務、協助招聘人才，以及請中科大教授來主管物理實驗室。
基於在中科大當了10年校長的經驗，朱清時認為，自己為南科大選擇的道路是適合中國國情的。中科院院士楊叔子近日也向媒體表達了類似的觀點：「按照香港科技大學一模一樣辦大學不可能，因為深圳不是香港。」但質疑者則認為，大學賴以生存的土壤之間的差別當然存在，但對於如何辦學，是可以用科學理性的分析來探討的，國外的經驗、教育規律是可以借鑒的。以此衡量，南科大辦學中的許多做法已經違背了常識。
事實上，對於南科大為中國高教改革探路的目標，幾乎沒有人會反對，但在具體的實現路徑上，已經產生了不小分歧，影響到南科大的籌建工作，並有可能會對中國高等教育改革的下一步走向產生影響。 | 
