何澤慧1964年起擔任原子能研究所副所長。1965年赴河南安陽參加社會主義教育運動。「文革」中被作為「反動學術權威」受到錯誤的審查和批判;1969年冬，下放到二機部在陝西合陽的「五七」干校參加農業勞動。
1973 年，中科院高能物理研究所成立後，何澤慧擔任副所長，積極推動宇宙線超高能物理和高能天體物理研究的開展。她倡導和全力支持開展交叉學科的研究，推動了中國宇宙線超高能物理及高能天體物理研究的起步和發展。在她的倡導與扶持下，高能物理研究所原宇宙線研究室通過國內、國際合作，在西藏甘巴拉山建成世界上海拔最高的(5500米)高山乳膠室;還從無到有、從小到大地發展了高空科學氣球，並相應發展了空間硬x射線探測技術及其他配套技術。
1980年，何澤慧當選為中科院數學物理學學部委員(院士)。直到耄耋之年，她仍然堅持全天上班，關心中國高能物理和核物理事業的發展。 | 
