陳水扁對此矢口否認。他的女兒陳幸妤轉述稱，陳水扁表示與事實絕對不符，國民黨這麼做除了誣陷扁告發外，還想把矛頭指向李登輝力挺的蔡英文。民進黨稱，這個案子已經十幾年，現在選舉快到了才起訴李登輝，無疑是選舉操作、政治追殺。該黨分析認為，起訴內容是舊案重炒，與某位藍營「立委」在5月時檢舉的方向相似，且這份檢舉資料中刻意提及蔡英文，可能會影響整個「總統大選」的選情。《聯合晚報》稱，李登輝對蔡英文有知遇之恩，蔡曾在李任內的「國安會」擔任咨詢委員，參與「兩國論」的起草。2010年蔡英文競選新北市長時，李登輝積極輔選；李登輝90歲生日壽宴時，更特別安排蔡英文坐上主桌。從曝光的「國安局」機密文件上，可以看到她曾支領「國安密賬」的經費。《聯合報》注意到，李蔡1日共同出席「台聯黨」的募款晚會時，並不像外界預期的那麼熱絡。文章分析稱，李登輝被起訴時間點就選在李蔡同台前一天，難免令人有政治操作的聯想，有人甚至解讀是沖蔡英文而來，「不過正好也給李蔡召喚團結的空間，趁機整合深綠與淺綠群眾」，加上李登輝年事已高，「老」正是他的武器，可換來民眾同情，「藍營要是持續攻擊此點，恐怕也只如擾人蒼蠅，應無實質的殺傷力」。
李登輝陣營反應激烈。李登輝聲稱，他活到90歲，「連死都不怕，哪會怕政治壓迫？」「台聯黨主席」黃昆輝稱，李登輝5月31日遭約談後，「檢察總長」黃世銘6月8日秘密前往大陸7天，回來後特偵組就起訴李登輝，「是否受大陸指使」，擔心李登輝「棄馬（英九）保台」的影響力而出此下策。黃世銘反駁稱，6月8日率團赴大陸進行司法互助交流都是團進團出，並無單獨密談，「相關說法純屬憑空想像」。馬英九則表示，絕對不容許政治追殺這種事在台灣發生。《聯合報》3日評論稱，李登輝被起訴，民進黨指控是「政治追殺」，蔡英文稱是「選擇性辦案」，黃昆輝說是「奉大陸指示」，「這些說法都反射了綠營看待司法的工具性，及對正義的虛偽標準」。文章質疑說，陳水扁早知李登輝涉有不法，卻把案子藏在懷裡，時不時拿出來威脅一下李登輝，「民進黨動輒指控國民黨『選擇性辦案』，但它自己執政時這種『選擇性不辦案』，豈非是更可怕的苟且徇私？」 | 
