再者，經濟基礎極差，嚴重依賴北方。南方基本沒有工業和市政設施，包括食鹽在內的幾乎所有產品均從北方進口，全國僅有的百公里柏油路也是去年北方援建的。而叛軍的存在又嚴重拖累了經濟發展，今年軍費開支占總預算的40%，經濟建設預算僅10%。此外，陸續從北方及國外返回的上百萬南方人增加了住房、就業負擔。為此，美國政府一直擔心南方成為「新生的失敗國家」。
從外部來講，南北雙方將繼續就未決問題博弈，極可能爆發局部衝突。南北雖和平「分手」，但雙方「打斷骨頭連著筋」，上百年的共同生活注定兩國未來有諸多歷史遺留問題需要解決，數個「定時炸彈」或隨時引爆。
石油利益分配問題迫在眉睫。南方擁有超過70%的石油產量和儲量，北方擁有輸油管道和煉廠，雙方相互依賴，但分家後平分南方石油收益的做法勢必無法繼續。上月巴希爾總統已放「狠話」，不解決分成問題就禁止南方使用油管、煉廠和港口，而98%財政收入來自石油的南方難以作出重大讓步。一旦生產中斷，雙方都將遭受災難性損失。
阿布耶伊可能成為非洲的「克什米爾」。該地區位於南北交界中段，曾是蘇丹的重要采油區，一直是雙方爭奪焦點，但殖民原因導致其民族屬性及歸屬問題異常複雜。2009年海牙國際法院曾判決由「當地丁卡人及其他居民」今年初舉行最終地位公投，但雙方就每年去該地區放牧3∼9個月的北方米賽利亞族是否為「其他居民」、是否有權投票產生嚴重分歧，不但公投被推遲，雙方還多次發生激烈交火，5月，北方一舉佔領了該地區。目前局勢暫時緩和，聯合國派4200名維和士兵進駐，但隨時可能再次衝突。 | 
