青尼羅河州和南科爾多凡州的公民對話問題。該地區民眾內戰中支持南方，簽署和平協議時北方堅持通過公民對話決定其是否自治，過渡期內派駐雙方聯合部隊部署在邊界兩側。今年5月，南科爾多凡舉行推遲了一年多的選舉，北方大勝，遂要求南方軍隊6月1日前撤離至1956年邊界或就地放下武器，遭南方拒絕，5日即發生武裝衝突，迄未平息。目前，青尼羅河州問題還未爆發，但該地區州長裡克·馬利克來自南方蘇人解高層，極可能成為另一顆「定時炸彈」。
外債分擔及公民身份問題。分家前蘇丹共有外債387億美元，目前雙方達成初步協議，準備共同呼籲國際社會免債，但「一風吹」談何容易?據估計，有200多萬南方人在北方工作、定居，雙方商定予其9個月的選擇期，但具體標準未定，目前僅有石油工人可以留在北方。
此外，還有尼羅河水資源分配、跨境貿易、貨幣等一系列問題需要解決。以至於獨立前夜，聯合國決定臨時增加駐南方維和士兵，以防爆發衝突。
不過，從目前局勢看，雙方再次爆發全面戰爭的可能性不大。「和平紅利」已讓北方發生翻天覆地的變化，人心求和思穩;而經過兩次內戰、奮鬥近50年最終獨立的南方也不願重啟戰端。因此，兩國領導人多次作出和平保證。同時，雙方經濟相互依存、人員混居，和則兩利，戰則兩傷。蘇丹的重要智庫「未來研究中心」主任艾哈邁德甚至曾與筆者打賭，認為南方「10年內肯定還會和北方合併」。再者，國際社會也不希望南北重開內戰，特別是美、歐著眼南方經濟和能源利益，不願也無力捲入新的地區爭端，因此多次強力施壓，要求雙方克制。 | 
