加強控制與資源開發
菲律賓實現對南沙群島的侵佔以後，一方面開始處心積慮地加強對這些島嶼的控制，另一方面也開始加強對南沙群島海域資源的掠奪。
為了控制所佔領的島礁，菲律賓採取單邊行動加強對島礁的巡邏並建立燈塔、緝捕或驅逐在這些島礁附近作業的他國漁民尤其是中國漁民;不僅如此菲律賓還通過摧毀中國在部分島礁的主權碑等手段行使所謂的主權。
近年來，菲律賓擴充所佔南沙島礁上的軍事裝備，積極推行海軍現代化和國防現代化，尤其是在美濟礁事件後著手強化海空軍力量。菲律賓還準備通過招標在南沙群島建立雷達系統，加強對中國南沙群島設施的監控。
1999年在菲律賓佔領的中業島(南沙群島的第二大島)，由菲律賓軍方、政府以及最鄰近南沙群島的巴拉望省民眾團體三者聯合籌資5100萬比索，分三階段對該島進行開發，其中包括建造一座長達1000米的防護堤、一條堤道、一條3公里的環島公路，為現有的簡易機場的800米跑道鋪設瀝青，並為陸海軍人員建造額外的營房等。
目前，菲律賓在費信島建設的第二處軍事設施已接近完工，它將對菲律賓海軍其他軍事設施構成補充，用於保護在南海駐防的菲律賓部隊。費信島陸地面積5700平方米，是南沙群島主權爭議島嶼之一，具有較高的戰略地位。由於地理位置靠近禮樂灘，一直有菲律賓及其外國夥伴在當地進行石油鑽探，菲律賓政府將在2012年向外國投資者提出的15個石油勘探項目中，有兩個就在禮樂灘附近。
菲律賓巴拉望省還不斷派出移居者及其眷屬，帶著供應品、設備、禽畜和其他基本生活用品，由海軍軍艦運送到卡拉延群島，在那裡居住，目的是宣示主權。
菲律賓政府之所以要佔領卡拉延群島，主要垂涎於該地區豐富的自然能源和資源。在漁業資源方面，僅1993年，菲律賓漁民就在巴拉望島外捕獲了162455噸商業魚，約相當於菲律賓總捕漁量的20%。
更重要的是該群島蘊藏有石油資源，能源供應一直是菲律賓政府所面臨的嚴重問題，儘管菲律賓已經做了一些開發國內能源的努力，但所需要石油的90%仍依靠進口。因此菲律賓希望通過在卡拉延群島的油氣開發，使之在21世紀初實現石油自給。
1976年7月，菲律賓開始與瑞典石油公司合作在卡拉延鑽探石油。它還邀請一些外國石油公司，包括美孚、埃克森、殼牌和印第安納標準石油公司勘探卡拉延群島周圍的近海石油資源。
雖然收效不大，但是為解決國內石油奇缺的問題，菲律賓仍繼續對南海某些地區提出聲明，1994年5月8日，菲律賓未經宣佈就把一份石油勘探許可證授予美國VAALCO能源公司及其菲律賓子公司，許可證涵蓋了禮樂灘地區，包括費信島、馬歡島和北子島。
就在不久前，菲律賓能源部宣佈，計劃拍賣南中國海勘探石油許可證。
「美濟礁事件」兩國的對峙
1994年12月底，中國國家海洋局派船對美濟礁進行了為期半個多月的環境調查和勘測。
在這次考察以後，美濟礁開始有了長期駐地的船隻和人員，承擔著生產和管理的日常任務。
1995年1月底一艘被中國海軍釋放的菲漁船船長向菲政府報告：他和他的船員在美濟礁被中國軍隊拘留了一個星期，而且，中國正在美濟礁修建建築物，美濟礁爭端由此開始。
隨後，2月8日，菲律賓時任總統拉莫斯就此事發表講話，指控中國軍艦「侵入」菲律賓聲稱擁有主權的南沙海域，並在菲律賓「所屬」的美濟礁建造軍事設施。中國外交部全盤否認了菲律賓的指控並作了詳細解釋。
然而，菲律賓無視這些解釋，隨即作出軍事反應，把所有的戰鬥機調到南沙群島，在卡拉延群島增加駐軍。
3月底，菲律賓出動海軍，把中國在五方礁、仙娥礁、信義礁、半月礁和仁愛礁等南沙島礁上設立的測量標誌炸毀。甚至還派出海軍巡邏艇，在空軍飛機的支援下，突然襲擊了停靠在半月礁附近的4艘中國漁船，拘留了船上62名漁民，指控他們「非法進入菲律賓專屬經濟區捕魚」、「非法破壞海洋自然環境」。
菲律賓軍方蓄意將爭議升級，5月12日晚，菲律賓派出一艘登陸艦和一艘護衛艦，組織了39名各國記者到美濟礁進行所謂「實地採訪」，計劃發動一場宣傳戰，企圖使美濟礁事件引起國際關注。
次日晨5時30分，正在這裡執法的中國南海區漁政漁港監督管理局「中國漁政34號」船駛出美濟礁。當載有記者的菲律賓軍艦駛近美濟礁企圖強行進入時，34號船將它們攔截在美濟礁8海里之外的地方，不讓其進入。34號船與配有兩架武裝直升機的菲律賓登陸艦和配有7門大炮的護衛艦周旋了8個多小時。
14時10分，菲艦停車，巨大的船頭直對著34號船的船舷。34號船把對方截住，扯著嗓門喊話。菲艦不作聲，轉而將火炮全部指向34號船。雙方對峙70多分鐘，因為無法突破中國漁政船的攔截，菲指揮官只好下令艦載直升機起飛，運載記者進入美濟礁上空。
外國記者分四批進入美濟礁。直升機都是超低空飛行，飛行高度僅20米，距礁上的高腳屋只有10米，幾乎與高腳屋的窗戶等高。14時55分，菲艦護送滿載記者的客輪掉頭往東北方向駛去。
8月9日至10日，中國外交部官員同菲律賓副外長就南沙問題舉行磋商。在磋商中，菲律賓沒有再提出讓中國撤出美濟礁的要求，也未要與中國「共管」美濟礁等。實際上，菲方已不得不接受中國進駐美濟礁的事實。
從1998年下半年到1999年初的幾個月裡中國工人在海軍護衛艦的保護下，在美濟礁修建了4座鋼筋混凝土結構的3層建築，使該島礁成為中國的一個永久前哨。
當時菲總統埃斯特拉達曾命令菲海軍前往封鎖美濟礁的進出口。但菲外長很快為埃斯特拉達改口，對外「闡明」了總統的「意圖」，他告知媒體說，總統埃斯特拉達的原意是讓菲海軍加強對美濟礁的監視。事實上，埃斯特拉達是想用武力封鎖美濟礁，但遭到菲海軍方面的勸阻，因為他們很清楚自己的力量敵不過兩艘在附近游弋的中國海軍「江湖」級護衛艦。 | 
