（五）根據黨的十四大和十四屆三中全會精神，中央決定從1994年開始加快進行以建立社會主義市場經濟體制為目標的一系列改革。針對原有稅制稅目繁多、征管混亂、企業難以公平競爭的弊端，1994年全面實施了以公平稅負和簡化稅制為核心的重大稅制改革，建立了以增值稅為主，營業稅、消費稅為輔的流轉稅體系，並對所得稅進行了歸並整合。這一改革為分稅制改革奠定了基礎。
分稅制是按稅種劃分中央和地方財政收入的制度。分稅制改革是財政體制的重大改革，也是難度很大的一項改革。為順利實施分稅制改革，1993年三、四季度，朱鎔基率領有關部門負責先後到十幾個省、自治區、直轄市，與地方負責交換意見。廣東省在此前實行財政包干體制時地方財政留成比例較大，因而對實行分稅制有很大顧慮。1993年9月12日至16日，朱鎔基在廣東省就實行分稅制問題進行調查研究，並與廣東省委、省政府負責座談，深入交換意見。他在廣東調研時指出：「目前中央財政十分困難，已經到了難以為繼的地步。如果不適當地集中中央財政收入、加強中央財力，日子就過不下去，最終全國都要受害，都搞不下去。」「必須按照國際慣例，按照市場經濟的原則進行財稅改革。」他回到北京後，致信江澤民、李鵬並中共中央政治局常委，匯報了與海南、廣東兩省負責商談的情況，反映廣東省希望中央在稅收返還基數年、企業減免稅的處理等問題上給予照顧。為減少新體製出台的阻力，順利推行分稅制改革，朱鎔基建議對這些作出讓步，並提出了妥善解決的方案。由於這樣做既堅持改革的原則，又採取適當讓步等靈活辦法，從而化解了矛盾，為在全國順利實行分稅制改革創造了條件。
（六）金融是現代經濟的核心。金融體制改革，是建立社會主義市場經濟體制的重要部分。1993年12月3日，朱鎔基在全國經濟工作會議上的講話中，把金融改革作為1994年改革的第一項任務。他指出：「金融改革由三部分內容構成：一是把人民銀行總行變成真正的中央銀行。二是現在專業銀行中的政策性業務分離出去，把專業銀行辦成商業銀行；同時，另行建立政策性銀行。三是建立全國統一開放、有序競爭、嚴格管理的金融市場。」1994年8月15日，朱鎔基在中國人民銀行分行行長座談會上的講話中要求進一步深化金融體制改革，推動金融改革跨出關鍵性的一步，並對人民銀行和各專業銀行的改革進行具體部署。1994年還進行了外匯管理體制改革，實現了官方匯率與市場匯率並軌，實行以市場供求為基礎的、單一的、有管理的浮動匯率制度。
朱鎔基一直關心證券期貨市場的規範和發展。他在肯定證券期貨市場積極作用的同時，也一再強調要防止它脫離法制化、規範化的軌道，出現過度投機。在1992年8月13日召開的部分省市股票市場試點工作座談會上，他強調要加強股票市場的監管工作，保證股票發行和上市公司的質量。1992年10月，成立了國務院證券委員會和中國證券監督管理委員會，隨後頒布了一系列法規和規章，初步確立了我國證券期貨市場監管體制。1995年12月19日，朱鎔基到上海證券交易所考察時，提出了證券期貨市場發展「法制、監管、自律、規範」的八字方針。
（七）1993年11月，國內市場糧食價格突然暴漲。當時糧食庫存充足，糧食供求關係沒有發生大的變化，糧價暴漲主要是受到群眾對通貨膨脹心理預期的影響，糧食市場有人乘機炒作，哄抬糧價。糧價事關民生和社會穩定。朱鎔基在12月12日，就調運和拋售糧食以平抑糧價問題一天之內連續三次作出批示。12月18日，朱鎔基正在安徽省作調查研究，接到國務院有關部門關於糧食價格的緊急請示，當即下決心動用國家專儲糧，向市場拋售，要求國有糧店掛牌降價，盡快將糧食價格降到合理水平。12月25日，朱鎔基在國務院召開的全國平抑糧油價格、穩定市場供應會議上的講話中，進一步作了全面部署，很快扭轉了糧食市場的形勢。
農業是國民經濟的基礎，糧食生產是農業的基礎。朱鎔基主管經濟工作以後，始終十分重視農業生產。為了保護農民的種糧積極性，穩定糧食生產和供應，他在糧食購銷體制改革上下了很大功夫。《實錄》中有多篇文章是圍繞這個問題的。1994年5月27日，朱鎔基在全國糧食價格改革工作會議上的講話中指出，糧食價格和購銷體制改革的目標之一是建立一個適應社會主義市場經濟要求的，放而有管、管而不死、購銷方便、調度靈活的現代化的糧食市場；不能把放開價格理解為放開不管。1995年2月27日，他在全國農村工作會議上的講話中指出：「糧食購銷體制改革有一個很重要的精神，也可以說是它的靈魂，就是糧食的定價要符合價值規律。」「定購糧的定價原則有三條：一是要有利於調動農民的生產積極性，二是要有利於縮小工農業產品的價格剪刀差，三是要讓城市人民能夠承受得了。」實行糧食價格和購銷體制改革後，糧食形勢好轉，產量連創新高，1996年突破了1萬億斤大關。1997年1月13日，他在《糧食豐收之後怎麼辦》的講話中強調，要堅持按保護價敞開收購議價糧，保護好農民的種糧積極性。朱鎔基根據在安徽等地的調查研究，把糧食流通體制改革的重點概括為「三項政策，一項改革」。1998年6月3日，他在國務院召開的全國糧食購銷工作電視電話會議上的講話中強調指出：「當前工作的重中之重，就是貫徹落實按保護價敞開收購農民的餘糧、國有糧食收儲企業實行順價銷售、農業發展銀行的糧食收購資金封閉運行這三項政策，加快國有糧食企業自身改革步伐。」直到2000年3月19日關於「糧食保護價必須高於種糧成本」的批語，朱鎔基仍然強調「任何政策措施都不能影響農民種糧的積極性」。2000年5月25日，他在全國糧食生產和流通工作會議上的講話中，針對1995年以後我國糧食連續五年豐收，一些地方出現農民賣糧難、市場糧價下跌、農民增產不增收、農民減少農業投入等新情況、新問題，指出：「出現這些問題的原因，主要是中央關於按保護價敞開收購農民餘糧的政策沒有得到完全落實」，強調必須採取切實措施加以解決，要堅持按保護價敞開收購農民餘糧。
（八）國有企業改革是整個經濟體制改革的中心環節，朱鎔基對於國有企業改革傾注了大量心血和氣力。1994年，宏觀經濟體制改革取得重大進展，為推進國有企業改革創造了條件。這一年11月4日，朱鎔基在全國建立現代企業制度試點工作會議上的講話中強調，要全面、正確地理解建立「產權清晰、權責明確、政企分開、管理科學」的現代企業制度，並強調深化企業改革的重點是實行政企分開、轉變政府職能，搞好企業內部經營管理，逐步建立社會保障體系。1995年3月9日，朱鎔基在參加八屆全國人大三次會議遼寧省代表團討論時的講話中強調，國有企業改革不能只在產權上做文章，並要糾正企業為把銀行債務沖掉而假破產的做法，企業破產拍賣所得要首先用於安置企業職工。1996年3月24日，朱鎔基到山東省諸城市考察。他在講話中肯定諸城採取多種形式搞好小型國有企業改革的探索精神，同時也強調小型國有企業改革不是「一賣就靈」。關於「賣企業」問題，朱鎔基在1997年9月26日，1998年4月25日、6月6日又作了三次批示，精神都是一致的。
（九）1997年11月和2002年2月，中共中央、國務院先後召開了兩次對金融改革和發展有重大意義和深遠影響的全國金融工作會議。1997年11月18日，朱鎔基在全國金融工作會議上的講話中分析了當時金融領域隱患和風險不斷積累的突出問題，總結了亞洲金融危機的教訓，對深化金融改革和防範金融風險問題作了全面部署，宣佈國有銀行和人民銀行進行管理體制改革，同時佈置了清理整頓金融市場的任務。2002年2月5日，朱鎔基在全國金融工作會議上的講話中指出，國有商業銀行的改革做了大量工作，取得了一定成效，但存在的問題還相當嚴重，根本原因是銀行體制陳舊，經營機制落後，內部管理鬆懈。他提出，要對國有獨資商業銀行進行股份制改造，具備條件的可以改組為國家控股的股份制商業銀行，條件成熟的可以上市。
（十）1998年3月17日，九屆全國人大一次會議決定朱鎔基為國務院總理。新一屆政府的第一項任務就是推進政府機構改革。此前，朱鎔基經過兩個多月的深入調查研究，提出了改革力度比較大的國務院機構改革方案，經九屆全國人大一次會議批准後組織實施。經過改革，撤銷了9個工業部門，國務院組成部門由40個減少到29個，機關工作人員減少近50%。3月24日，朱鎔基在國務院第一次全體會議上的講話中，對與會人員提出要牢記自己是人民的公僕，全心全意為人民服務，不能搞特殊化；要恪盡職守，敢於說真話；要從嚴治政，不怕得罪人；要清正廉潔，懲治腐敗；要勤奮學習，刻苦工作等「五條要求」。並且對與會人員國內考察、出席會議和參加事務性活動提出了「約法三章」。1999年3月5日，他在《政府工作報告》中明確提出，要建設「廉潔、勤政、務實、高效的政府」。
（十一）1998年上半年，正在蔓延的亞洲金融危機對我國經濟的衝擊逐漸加大。中央果斷地把宏觀調控重點從治理通貨膨脹轉向擴大內需和抑制通貨緊縮趨勢，從實行適度從緊的財政、貨幣政策轉向實行積極財政政策和穩健的貨幣政策。6月，中共中央、國務院明確提出擴大內需的方針，並決定實施積極的財政政策，增發1000億元財政債券，相應增加銀行貸款，用作擴大基礎設施建設的投資。1999年3月以後，我國有效需求不足的矛盾更為突出：外貿出口和外商直接投資下降，消費需求不振，固定資產投資增長放慢，物價總水平持續下降，出現了經濟增長速度下滑和通貨緊縮的趨勢。1999年7月15日，朱鎔基在《完善宏觀調控政策措施，制止經濟增長下滑趨勢》的講話中指出：要進一步加大實施積極的財政政策的力度，重點是從投資和消費兩個方面增加社會需求，還要努力擴大出口，積極利用外資；同時，加快結構調整，穩步推進改革，確保社會穩定，扭轉通貨緊縮的趨勢，促進國民經濟持續快速健康發展。
從1998年到2002年，實施積極的財政政策，共發行長期國債6600億元，帶動銀行配套貸款和其他社會資金形成了3.28萬億元的投資規模，重點投向基礎設施建設，使水利、交通、通信等建設顯著加強，並帶動相關行業的發展，也多渠道增加了城鄉居民收入，擴大了消費需求，有效拉動了經濟增長。對此，朱鎔基在2002年12月25日接見全國財政工作會議代表時的講話中作了全面的總結。
亞洲金融危機爆發以後，中國周邊國家和地區的貨幣紛紛大幅度貶值，對中國出口形成越來越大的壓力。1998年5月以後，中國出口持續負增長，國外輿論普遍預測人民幣將大幅度貶值。1998年6月26日，朱鎔基在會見美國財政部部長魯賓的談話中明確表示：「無論貶值會給我們帶來多大好處，我們也不能那樣做。對別人損害太大，最後也會損害我們自己。」在隨後繼續受亞洲金融危機衝擊的幾年間，中國一直堅持人民幣不貶值的政策，贏得了亞洲和全球輿論的廣泛讚譽。事實也證明，這個決策有利於我國對外開放和出口貿易的長遠發展。
（十二）1998年7月至8月，長江、松花江、嫩江流域發生了特大洪水，九江長江大堤潰決。朱鎔基多次親臨抗洪一線視察並指導防汛工作。8月8日至9日，朱鎔基到湖北省直接指揮防汛抗洪工作。他傳達了中共中央政治局常委擴大會議關於長江抗洪工作的決定精神，強調要把保障人民群眾生命安全放在第一位。大災過後，8月28日至9月12日，朱鎔基先後到內蒙古、黑龍江、吉林、湖北、江西、湖南、四川、重慶等省區市考察抗洪救災和災後重建工作，提出了「封山植樹，退耕還林；平垸行洪，退田還湖；以工代賑，移民建鎮；加固干堤，疏浚河道」的三十二字工作思路，並且作出了實施天然林保護工程的決策。1999年8月6日，朱鎔基到延安等地考察，提出為了加強生態環境建設，要採取「退耕還林（草）、封山綠化、以糧代賑、個體承包」的政策。
（十三）1998年7月，針對走私活動猖獗的嚴峻形勢，中共中央、國務院決定在全國範圍內雷厲風行地深入開展反走私鬥爭。7月15日，朱鎔基在全國打擊走私工作會議上的講話中，對在全國迅速開展大規模的反走私聯合行動和專項鬥爭作了部署，強調要集中力量查處大案要案；要深化改革，建立反走私新體制，組建國家緝私警察隊伍，建立以海關為主，公安、工商等執法部門聯合緝私，對查獲的走私案件由海關統一處理的制度。針對當時一些地方黨政軍機關和執法、司法部門所辦公司和掛靠公司走私問題，朱鎔基指出要「著重打擊法人走私，特別是要打擊那些有特殊背景的法人走私」，「黨政機關和軍隊、武警部隊是吃『皇糧』的，絕不能經商辦公司」，「各地的黨政軍機關和執法、司法部門都要堅決清理所辦公司及其掛靠公司，並限期同所辦公司和掛靠公司在人、財、物等方面徹底脫鉤」。
（十四）推進住房制度改革，是朱鎔基在新一屆政府成立時提出的五項改革中的一項。早在1991年，朱鎔基在東北地區調研時，看到居民住房十分困難，就提出要研究住房制度改革，改善居民住房條件。此後，他在多次講話中提出，要建立住房公積金製度，通過國家、集體、個人一起拿錢，來解決住房問題。1994年8月4日，朱鎔基在國務院住房制度改革領導小組召開的貫徹《國務院關於深化城鎮住房制度改革的決定》工作會議上的講話中，就根據鄧小平在1980年4月2日關於房改政策的談話和上海市在1990年至1991年搞房改的經驗，強調了城鎮住房商品化和建設「安居工程」等政策。同時，他指出實行住房商品化要有一個過程，要有一系列配套的政策，要讓老百姓買得起，要多建普通住宅，嚴格控制高檔房地產項目。在三年多的改革實踐基礎上，1998年上半年，朱鎔基主持制定了《國務院關於進一步深化城鎮住房制度改革加快住房建設的通知》，於1998年7月3日下發。《通知》指出：停止住房實物分配，逐步實行住房分配貨幣化；建立和完善以經濟適用住房為主體的多層次城鎮住房供應體系。對不同收入家庭實行不同的住房供應政策。最低收入家庭租賃由政府或單位提供的廉租住房，中低收入家庭購買經濟適用住房，其他收入高的家庭購買、租賃市場價商品住房。同時提出，要調整住房投資結構，重點發展經濟適用住房（「安居工程」），加快解決城鎮住房困難居民的住房問題。新建的經濟適用住房出售價格實行政府指導價，按保本微利原則確定。
2002年1月9日，朱鎔基主持召開總理辦公會議，研究加強城鄉規劃管理問題，針對當時在城市建設方面存在的浮誇、鋪張和不顧實際情況之風,指出要制止城市建設盲目擴大的勢頭,城市建設要先規劃後建設，「工作重點要放在城市基礎設施建設上，像修上下水道、解決城市交通等。解決老百姓的住房問題是重點，不是去蓋那些高樓大廈」。2003年2月1日，他到北京市看望工作在一線的公安民警和公交職工時，指出改善城市交通「一定要把更多的精力和注意力放在發展公共交通方面，不要放在發展小汽車上面去」。
（十五）深化國有企業改革，是新一屆政府提出的一項重大而艱巨的任務。亞洲金融危機導致我國出口貿易銳減，加上多年重複建設造成國內產能過剩，幾乎所有工業產品都供大於求。這種狀況使歷史包袱沉重而且經營機制轉換又未到位的國有企業面臨前所未有的嚴重困難，大批企業停產或半停產，上千萬職工下崗。針對這種狀況，中共中央、國務院提出了用3年左右時間，使大多數國有大中型虧損企業擺脫困境，使大多數國有大中型骨幹企業初步建立現代企業制度的目標。朱鎔基在《國有大中型企業三年脫困大有希望》等講話中，對當時國有企業面臨困難的原因作了全面分析，強調在國家大量投資於基礎設施建設、擴大國內需求的同時，要堅決制止重複建設，推進產業結構調整，改善國有企業的宏觀經濟環境；強調必須積極實施再就業工程，使企業富餘人員能夠分流；強調辦好企業的關鍵在領導班子，不要由行業主管部門管企業，要通過稽察特派員等制度加強國家對企業的監督。朱鎔基指出：「整個這一套辦法，就是有中國特色的搞好國有企業的道路。」1999年7月15日，朱鎔基在省、部長經濟工作座談會上的講話中提出了支持國有企業脫困的三項重大措施，即「債轉股」、用國債資金支持企業技術改造、企業上市融資。在實現國有企業三年脫困和改革目標的同時，朱鎔基力推打破國有企業行業壟斷的改革，通過改革政府機構以實現政企分開，並在電力、電信、石油石化、航空、軍工等系統推動分拆重組，打破這些領域獨家壟斷的局面，推動國有企業參與市場競爭。
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