在李燕向十三部位申請公開前述信息的過程中，對科技部的申請最為「複雜曲折」。在科技部官方網站的網絡申請系統中，只能填寫固定電話號碼，所以李燕就留了宿舍電話。申請三天後，申請被退回。退回的理由是李燕提供的聯繫電話不真實有效。李燕再次申請，不僅在備註中留了手機號碼，而且還留了法學院門衛的電話。13天之後，申請被再次退回。理由是，「我部多次與您提供的電話進行聯繫，無法接通。」
李燕去信詢問，表示法學院的門衛從來沒有通知自己有相關電話，自己的手機也從來沒有收到科技部的電話。科技部回信表示，曾撥打過手機，信號顯示不能接通。
李燕第三次向科技部提出申請，兩天後，科技部來電詢問法學院辦公室的聯繫方式，要對她的身份進行核實。最後，科技部的答覆為，科技部有五位副部長。在部長的領導下，各位副部長的分工是機關內部工作協調機制，工作分工隨工作的發展和領導職務的變化不斷調整。
有一些部門經申請後，向李燕公開或者主動在官方網站上公開了副職的職權信息。
比如民政部公開了李燕所要求的信息，但是在申請過程中，民政部有關信息公開部門的人員，曾要求她提供論文的題目以及文章中具體哪一段需要這項信息。李燕認為，她的論文還在初始階段，為了進一步研究才申請信息公開，所說的具體的論文題目，以及在哪一段用到這項信息，無法也沒有必要提供。
文化部通過李燕的申請在官網上公開了副職職權的。在申請過程中，李燕被告知要延期答覆，但是不願意出具書面的延期通知書。文化部的信息公開辦公室有關人士答覆稱，根據法律規定不用正式的告知，口頭告知就可以。李燕力爭，一旦發生糾紛的話，沒有正式的答覆，無法證明已經告知了。對此，文化部的有關人士回應稱，如果通知你了，你說沒通知，這是「人品問題」。
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