在分析了依據《鐵路交通事故應急救援和調查處理條例》可賠償17.2萬元、依據工傷保險條例可賠償約60萬元等標準存在的不足後，浙江省高院參與研究的法官認為：依據《最高人民法院關於審理鐵路運輸人身損害賠償糾紛案件適用法律若干問題的解釋》，應當允許受害人方選擇適用侵權法請求賠償;考慮到死者的被扶養人情況各異、具有不確定性，為有利於做好受害人方工作，可參考上海「11·15」特別重大火災事故善後賠償和救助方案。最後決定建議，依法賠付死亡賠償金、精神損害撫慰金、喪葬費等約60萬元，另行給付各類撫慰金、幫扶金等(含被扶養人生活費)約30萬元，共計約90萬元。
7月28日下午，陪溫家寶總理實地視察之後，呂祖善在溫州再次主持召開「7·23」事故救援善後總指揮部會議，研究善後理賠等工作。鐵道部方面仍認為應依據「條例」標準賠償，專程從杭州趕赴溫州參加會議的浙江省高級人民法院副院長徐傑等人則提出了新的理賠建議。呂祖善對新方案表示贊同，認為既符合黨中央和國務院領導要求「以人為本」處理事故的指示精神，又依據了國家有關法律規定，同時參照了其他重大事故處理經驗。之後，鐵道部也表示贊成，總指揮部一致同意採納該方案理賠。
7月29日，「7·23」事故救援善後總指揮部公佈理賠方案，以侵權責任法為損害賠償標準的主要依據，遇難人員賠償救助金主要包括死亡賠償金、喪葬費及精神撫慰金和一次性救助金(含被扶養人生活費等)，合計金額91.5萬元。 | 
