2003年，拉姆斯菲爾德簽署命令，授權特戰司令部在伊拉克和阿富汗打擊「基地」組織時可以先斬後奏；在阿爾及利亞、伊朗、馬來西亞、馬裡、尼日利亞、巴基斯坦、菲律賓、索馬裡和敘利亞執行致人於死命的任務時，需要得到上級批准或這些國家政府默許。
特戰司令部執行追殺和情報搜集任務，有自己的情報部隊、無人駕駛飛機和偵察機、專用衛星和網絡戰人員。
手段狠
「9•11」恐怖襲擊以來，中情局打死數十名恐怖組織頭目和數以千計普通武裝人員。然而，更多這類人死於特戰司令部部隊之手。
2001年12月，特戰司令部部隊在阿富汗托拉博拉山地追剿本•拉登及其隨從。經過兩夜交火，本•拉登逃走，但大量「基地」武裝人員斃命，屍體需用卡車運出戰場。
2001年以來，中情局抓獲近百名恐怖嫌疑人，關押在全球多處秘密監獄，而特戰司令部監獄中嫌疑人數量是中情局關押人數的10倍。另外，如果抓不到嫌疑人，特戰司令部人員就拘禁嫌疑人的母親、妻子或孩子。
2004年，一次為期4個月的調查發現，特戰司令部位於伊拉克的多處監獄中，嫌疑人遭受虐待。一些人遭拘押在狹小空間內，無法站立或躺下；一些審訊人員持續大音量播放音樂，使嫌疑人無法睡覺；一些嫌疑人遭脫光衣服、澆冷水，繼而在開著冷氣的房間或寒冷的室外受訊問。最終，34名特戰司令部人員受懲處。 | 
