傷平民
特戰司令部部隊時常傷及無辜。兩名高級指揮官說，執行任務時，鎖定正確目標的場合僅佔半數，這已算不錯表現。
2002年7月1日，特戰司令部部隊在阿富汗追剿塔利班時犯下「整場戰爭中最嚴重的襲擊錯誤」。一支偵察分隊遭塔利班伏擊，一架美軍AC-130型武裝飛機朝一個村莊6處地點開火，包括一個婚禮現場，致死至少48名平民。這次襲擊讓許多阿富汗人認定，美國部隊草菅人命。
2008年，布什派遣特戰司令部部隊進入巴基斯坦。由於先前不少其他國家平民死於特戰司令部襲擊行動，美國駐巴大使安妮•帕特森擔心這類事件重演。為了消除帕特森的憂慮，部隊指揮官請她在「捕食者」無人機操控台前觀看襲擊過程。最終，由於巴基斯坦民眾強烈不滿，特戰司令部發動3次襲擊後取消任務，繼而由中情局接手。
司令官麥克裡斯特爾承認：「我們的行動有時起反作用。我們會說：『我們需要進去幹掉那些傢伙。』然而，我們的行動導致一些負面效應，留下他們（普通美軍部隊）收拾殘局。」 | 
