馬英九會後裁示，當局所做的工作都抓住了「主動發掘、妥適部署、明快處置、積極查處、對外說明、掃除疑慮」原則，下個階段如何避免類似事件重演，首先就要做好「源頭管理、從嚴認證」，將來在GMP認證需要擴大檢驗範圍，當然要訂好標準作業程序，記取此次事件教訓，保證取得GMP認證的工廠，能得到民眾信賴。
馬英九指，接下來要「銷毀毒物、重建信心」，確保這些物品不再回流市場，同時向民眾倡導，只要容許上架的都是安全的食物；若未來還有查扣產品，應建立完整數據庫，到下一階段再第二次銷毀。
馬英九說，對這些黑心業者，要嚴厲譴責，罔顧台灣民眾健康，「法務部」應持續深入追查所有曾被污染的產品流向，揪出黑心業者，依法從嚴追訴，讓危害台灣社會的黑心廠商，受到應有處罰。
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