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 9月27日，傷員在上海市第九人民醫院接受救治。
隨後，中國青年報記者趕到收治事故傷員的上海市第九人民醫院，急診室裡一派忙碌。醫護人員正在統計傷員情況。宣傳科負責人表示，九院共收治53人，兩人送入SICU（外科重症監護室），骨科3人，神經外科1人，口腔科1人，婦科1人。收治傷員中年齡最小的只有1歲，年齡最大的83歲。該負責人表示，傷員的生命體征相對穩定，大部分傷員已陸續出院回家。
18時30分，中國青年報記者又趕往瑞金醫院，當時上海市市長韓正和副市長沈曉明在該院看望傷員。接受市長慰問的一對老夫妻正在等候檢查，醫護人員為他們測量了血壓。但是他們顯然還沒從震驚中恢復過來，眼眶紅紅的。老阿姨一手捂著胸口，連連說：「一切發生得太快了」。
躺在移動病床上的粟先生胸部挫傷，但無大礙，當晚即可出院，醫院已經安排120急救車送他回家。他回憶，自己是後面一列地鐵的乘客，所在車廂大概在倒數第二三節。當時，只聽到「砰」地一聲巨響，一個緊急剎車，感覺自己渾身一震，不由自主地往車頭方向倒去。當時他倚靠著扶手，所以沒有被甩出去，但還是重重地撞在了扶手擋板上，胸部挫傷。撞擊以後，列車員讓乘客們都不要驚慌，耐心等待救援。10來分鐘後，第一批消防員來到車廂，帶領乘客們從車廂後門撤離。
詹文斌當時在前一列地鐵靠近車尾的位置，列車相撞的那一刻，他還沒反應過來就趴在了地上。他回想了一下，當時地鐵的燈光和空調都還開著，感覺像在做夢，但是自己坐在地上怎麼都爬不起來，「車廂裡女的都哭了，男的都懵了。」詹文斌一看手中，手機不知道什麼時候被撞飛了，周圍的人都在打電話，而自己卻沒辦法通知親友，心裡又急又怕。「有乘客叫，都趴著不要站起來，我們就乖乖在車廂地板上坐著躺著，也不知道過了多久。我沒法控制自己的大腦，不停地亂想，萬一逃不出去，該怎麼辦？」
還好，詹文斌傷勢並不嚴重，瑞金醫院的護士為他拿來了治療跌打損傷的藥膏，還有三天的病假單。然後，他就在親友的陪同下回家了。
瑞金醫院副院長袁克儉表示，醫院在15時01分接到110報警，馬上啟動了急診科的應急預案，隨後又啟動了醫院層面的應急預案，150名醫護人員以及相應物資和後勤保障在半小時之內陸續到位。15時30分，第一批傷員送到。
瑞金醫院接診的傷員有53名，沒有重傷患者，絕大部分傷員都是軟組織挫傷，已經出院，只有兩名肋骨骨折的傷員留院觀察，但無生命危險。19時左右，醫院層面的應急預案解除，留下急診科和骨科做收尾工作。「一切以救人為重，醫院沒有向事故傷員收任何費用。」袁克儉表示。
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