上訴書指出，機要費系由陳鎮慧出具領據，出納將現金交陳領取，並以專用保管箱保管，獨立分帳，並無與其它款項混淆可能，因此性質不同於特別費，並不適用大水庫理論。
在陳鎮慧的優盤中，陳水扁、吳淑珍、陳幸妤、趙建銘、陳致中、黃睿靚6人私人開銷高達1912.4萬元，機要費並非全部給陳水扁使用，且陳水扁吳淑珍以他人消費核銷發票多達747張，與公務無涉，陳水扁吳淑珍貪污犯行明確。
而陳水扁舉證21項「機密外交」，亦可用一般支出憑證報支，無須以不實犒賞清冊核銷，事實上，相關費用另有來源，包括辜仲諒等企業家支付，並非機要費支應。
南港案部分，特偵組強調，吳淑珍應構成貪污罪，而非合議庭認定的圖利罪，且身為陳水扁夫人，涉貪行為嚴重破壞政府信譽與法律秩序，毫無悔意，竟未併科罰金刑，或加重其刑，實屬輕縱。 | 
