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 成都醫學院的新校區建設2006年就開始啟動，但直到今天還沒完全完工。
由反映問題到實名舉報
在成都醫學院，校長與書記有矛盾在近幾年已經成了學校教職工人所共知的事情。
王亮軍說，此前跟馮有明雖然有矛盾和摩擦，但他都能容忍。然而，在新校區的建設上，兩人卻經常出現重大分歧。真正讓他走上反映問題乃至舉報之路的，是2007年11月1日黨委常委會上發生的一件事。
王亮軍說，普通高校實行黨委領導下的校長負責制，他作為學校的法定代表人，理所當然應對新校區建設負責，四川省內同類高校如成都中醫藥大學、瀘州醫學院、川北醫學院都是由校長任新校區建設指揮長，但成都醫學院新校區建設的第一任指揮長是副院長李昌榮，第二任指揮長是黨委書記馮有明。校黨委還決定，新校區建設實行指揮長負責制，指揮長直接向黨委負責。
「新校區建設指揮部不對我負責，出了問題我作為學校法（定代表）人卻必須擔責，所以，我對新校區建設過程中的重大事項特別在意。」王亮軍說。
王亮軍稱，馮有明在2006年6月擔任指揮長後，提出聘請一家項目管理公司全程負責新校區的建設，這一提議兩次在黨委常委會上被否決，「我們都認為不妥，新校區建設如果脫離了學校的管理，出了問題誰負責，誰能負得起責？再說，學校有管理新校區建設的能力，何必再花巨資外聘公司進行管理？」
他說，正因為此事一直拖而未決，新校區的建設也停滯不前，這正是他指稱的「黨委會研究未同意他（馮有明）的意見就一年半不動工」。
王亮軍稱，2007年11月1日，在黨委常委會上，馮有明突然再次提出，要求聘請項目管理單位全程負責新校區建設。
「8個常委，加上馮有明4個表示同意，1個棄權，3個反對。雖然黨委常委會在討論決定重大事項時是按少數服從多數的原則作決定，但黨章也規定，如果重大事項發生爭論，雙方人數接近，就應當暫緩作出決定，等進一步分析論證後再提交黨委常委會作決定。」
王亮軍說，在他當場提出異議的情況下，馮有明依然表示通過表決，寫入會議紀要。
他表示，對這種違反組織原則的行為堅決不能接受，因此親自前往四川省委教育工委，要求糾正成都醫學院黨委常委會作出的這個決議，「這個時候，我還只是反映情況，並未舉報」。
後來，在四川省委教育工委有關領導的努力下，這次黨委常委會上作出的外聘項目管理單位的決議沒有執行。2008年1月，馮有明也不再擔任新校區建設指揮長一職，指揮長仍由李昌榮繼任。
然而，在2008年年底，新校區6個標段中有3個標段出現「圍標、串標」的現象後，王亮軍結合此前所掌握的情況，認為馮有明等校領導在新校區建設過程中存在違規違紀的行為，於是從2009年2月起開始向四川省教育廳紀檢部門、四川省紀委、省委組織部等實名舉報新校區建設過程中出現的問題。
院長高調公開舉報，書記不公開回應
但真正讓此事產生重大社會反響的，還是2010年9月中旬兩篇「院長通告」被轉貼到外網之後。
王亮軍說，其實9月9日發的那篇「院長通告」早在一周前就已經寫好，並且請了學校七八個熟悉內情的教職工看過，「已經改得滴水不漏了」。
這篇「院長通告」，他原本想在校內會議上講，以此讓學校廣大教職工瞭解學校內情。然而，2010年9月9日這天，學校臨時召開的一次黨委、紀委委員全會卻讓他怒不可遏，決定將這篇文章發到校內辦公網上，以此「揭開蓋子」。
自2010年8月30日王亮軍親自主持指揮部工作後，他在新校區建設上開展工作的主要助手是學校紀檢處長榮立和與基建處副處長林麗。然而，9月9日這天的黨委、紀委全會上，一個名為「黨委紀檢小組」的調查組卻拋出一份調查報告，認定林麗等人在新校區某些標段的「外牆磚採購」上存在問題，要求嚴處。
王亮軍在會上駁斥了這份報告，認為調查組的成立和調查過程多處違反組織程序。會後，他越想越氣憤：「如果我再不站出來說話，正直的、真正在幹事的同志就要遭殃了。」他咨詢校內有關人士，當得知學校校內辦公網僅學校教職工有閱讀權限，學生們看不到後，當晚9時左右，他就把這篇早已寫好的文章以「院長通告001號」的形式發了出去。
「那時候我並非沒有考慮後果，但是學校新校區建設停滯這麼多年，學校損失這麼大，我覺得有必要將這些公開，讓廣大教職工瞭解內情。」王亮軍說，發佈之前，他詳細學習了教育部等部門發出的關於校務公開的文件，又找到中央領導關於這些方面的講話，「我覺得這種做法是符合中央精神的，到了現在這個階段，如果不揭開蓋子，把新校區建設的來龍去脈和裡面的問題說清楚，讓廣大教職工瞭解學校事務，參與學校規範管理，可能還會出事。」
同時，他強烈否認舉報和發「院長通告」是為了跟黨委書記爭權奪利，他堅持認為自己是在跟「違法亂紀作鬥爭」。「我應在2011年5月退休，如果是為了爭權奪利，為什麼要在離到點只有幾個月的時候才作出這樣的舉動」。
他說，發出這些通告的時候，他唯一擔心的是，這些內容會不會被傳到外網上，從而影響學校的聲譽。不料，這種擔憂很快就成為現實。
2010年9月13日下午，《成都商報》記者在學校辦公樓堵住了他，說看到天涯論壇上的帖子，問帖子內容是不是他寫的。他這才知道，他的「院長通告」已經被人轉到外網且成為熱議的對象。他的實名舉報也由此變成了公開舉報。
變成公開舉報後，王亮軍說，他並未遭遇多少壓力，雖然四川省教育主管部門領導對他提出批評，認為這種做法影響團結，並且對他用「院長通告」發文的方式提出異議，認為發「院長通告」須經組織同意。王亮軍對此予以據理力爭，並沒有因此受到任何處分。
然而，他的舉報也沒有得到任何實質性的反饋。原本期待在事件公開後上級有關部門會來調查、很快會有結果的王亮軍在等了半年未看到動靜後，從2011年3月21日起，又陸續在成都醫學院內部辦公網上發表了16篇被教師們視為「公開信」的文章。這一次，他把這些材料以「王亮軍會議發言材料」的形式發表，「因為這些材料我在各種會上都講過」，再次對包括馮有明在內的多名同事提出指控，內容包括非法融資、挪用公款、違規招標、私調工資檔次、學術造假等。甚至提出了「誰監管高校黨委書記」、「四川高校黨管幹部為什麼這樣難」的反思，並且建議向江蘇、湖南等省學習，制定黨委領導下校長負責制的實施細則。
這些文章每一發表，即被轉到外網，在多個中文論壇裡引發了熱議。成都醫學院一些教師向中國青年報記者表示，他們也參與了轉帖和評論，以此表達對新校區建設和教工住宅建設出現問題的不滿。
然而，與王亮軍的高調公開舉報相對應的是，上級部門雖然多次糾正了學校的一些錯誤做法，卻始終沒有對他的舉報作出有效反饋，他點名指控的對象——黨委書記馮有明和紀委書記郭晉，也從未通過公開的途徑對他的指控內容作出實質性解釋或說明。
9月23日，中國青年報記者撥通了馮有明的電話，他聲稱不方便接受採訪。記者問：「王亮軍院長對你公開提出指控，說你違法亂紀，你不作回應嗎？」馮有明稱：「領導幹部有意見，應當通過組織渠道向上反映。大家都在網上搞的話，不利於問題的解決。」他還稱：「王院長有他自己的風格，我也有我的風格，我是通過組織的渠道向上反映，不通過媒體來解決」。
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